Este artigo tem como objetivo analisar a tributação sobre os principais bens finais do setor sucroenergético, quais sejam açúcar e álcool. Para tanto, estima-se - a partir da metodologia de recolhimento da cada tributo - a carga tributária potencial incidente sobre estes produtos em todos os elos de suas cadeias no estado de São Paulo nos anos de 2000 e 2008. Os resultados apontam para uma carga tributária potencial de 23,04% do preço final do álcool hidratado e de 27,39% do preço final do açúcar cristal em 2008. Com o objetivo de mensurar a importância da isenção de alguns tributos às vendas externas, este artigo estima as diferenças em termos de carga tributária potencial entre o álcool/açúcar exportado e aquele vendido no mercado doméstico. A diferença da carga tributária incidente sobre o álcool exportado pela usina e aquele vendido para o mercado doméstico é estimada em 15,65 pp. Para o açúcar, essa diferença é de 21,25 pp. Por último, estima-se a carga tributária incidente sobre o setor no ano 2000 - que foi de 40,08% para o álcool hidratado e de 25,91% para o açúcar. Observa-se um aumento da carga incidente sobre o açúcar e redução da carga incidente sobre o álcool.