O objetivo deste artigo é apresentar a performance da execução orçamentária do financiamento da política territorial, tomando-se como base o Programa de Desenvolvimento Sustentável dos Territórios Rurais (Pronat) e o Programa Territórios da Cidadania (PTC). Para tal exame foram entrevistados atores estratégicos destes programas e sistematizados os dados relacionados ao desempenho da política até 2009, analisando-se a composição dos recursos que viabilizam a mesma e as questões que facultam ou obstaculizam o fluxo de recursos necessários ao financiamento de despesas de custeio e investimento nas diferentes subfunções que compõem os programas. Os resultados deste trabalho mostram a complexidade e, ao mesmo tempo, as inovações que o arranjo institucional das políticas em escala territorial traz para a cena orçamentária, seja no que tange ao levantamento e lastreamento de fontes dos recursos alocados, seja no que se refere à forma de aplicação desses recursos segundo áreas geográficas e linhas programáticas de ação.