Existem poucas pesquisas no Brasil que abordam a questão da quantificação e da qualificação dos gastos públicos em Ciência, Tecnologia e Inovação (C&T e I) voltados para a produção agropecuária nacional. Considerando esta lacuna na bibliografia e que informações nesta área são importantes para tomadores de decisão públicos e privados envolvidos com o tema, este artigo apresenta um diagnóstico inovador destes gastos no Brasil. Para tanto, foram analisados os investimentos realizados por 48 instituições de apoio e de pesquisa brasileiras, cobrindo praticamente o universo de agências e institutos de pesquisa estaduais e federais com atuação no setor agropecuário, além de instituições de pesquisa sem fins lucrativos. Os resultados apontam o papel preponderante da Embrapa no Sistema Nacional de Pesquisa Agropecuária, bem como destaca algumas lacunas e entraves ao desenvolvimento científico e tecnológico voltado para este setor. Os futuros investimentos nesta área poderão ser ponderados a luz dos resultados da pesquisa apresentada neste artigo.