A biotecnologia atingiu o elo primordial do complexo soja, ou seja, os produtores. A soja transgênica promove a redução da quantidade necessária de herbicidas e, consequentemente, o custo de produção. O objetivo deste estudo foi a determinação e comparação do custo médio incorrido na produção de soja convencional e transgênica para o Estado do Mato Grosso do Sul na safra 2004/05, através de dados primários, levantados por pesquisa de campo. No presente trabalho apresenta-se a metodologia adotada tanto para a formação do banco de dados quanto para a estrutura contábil propriamente dita. Partindo de uma mesma base metodológica foi possível calcular que o custo da soja transgênica é aproximadamente 14,8% do que a soja cultivada em sistema convencional.